Overvågning af influenza A virus i svin - Slutrapport 2016

Abstract

Der er i 2016 gennemført en systematisk, prospektiv, passiv overvågning af cirkulerendeinfluenzavirus subtyper i danske svin. Det overordnede formål med overvågningen var atidentificere hvilke influenzavirus subtyper og stammer, der cirkulerer blandt danske svin, og atkortlægge sygdomsårsager i svinepopulationen med henblik på at sikre det strategiske mål: atmindske antibiotikaforbruget i danske svinebesætninger. Overvågningen bestod i:1) Undersøgelse for influenzavirus vha. pan-influenza A virus real time RT-PCR påbrugerbetalte diagnostiske indsendelser til influenzavirusundersøgelse på DTU-VET 2) Test af influenzavirus positive prøver for pandemisk H1N1 (H1N1pdm09) ved real time RTPCRder specifikt detekterer HA-genet i H1N1pdm09 virus 3) Implementering af ny metode til subtypning af influenza, baseret på real time PCR i stedetfor sekventering. 4) Subtypning af indsendelser ved real time PCR (HA og NA generne) 5) Isolation af virus i MDCK celler 6) Komplet genom karakterisering af udvalgte virusisolater. Der blev totalt i 2016 iværksat undersøgelse for influenza A virus på 1115 prøver fordelt på 480 indsendelser fra 388 besætninger. I alt havde 227 (47 %) af indsendelserne minimum en positivprøve, disse repræsenterede 204 forskellige besætninger. Indsendelserne fordelte sig over hele landet og over hele året. Der var flest indsendelser til undersøgelse i vinterhalvåret, men influenza virus blev påvist med næsten samme hyppighed hele året. I alt blev 176 influenzavirus positive indsendelser subtypet vha. real time RT-PCR. Disse analyser viste, at de to mest almindelige subtyper i danske svin i 2016 var den danske variant af H1N2 og H1N1pdm09. Prævalensen af det almindelige svineinfluenzavirus ”avian-likeswine” H1N1 var ligesom i 2014 og 2015 meget lav. Det influenzavirus af subtypen H3N2, der har cirkuleret i Danmark siden 1990, men med meget lav prævalens de senere år, blev ligesom i 2015 ikke påvist i 2016. Den centraleuropæiske variant af H1N2, der har et human-like HAgen, er stadig ikke påvist i danske svin. Virus med subtypen H1pdm09 blev påvist i 52 indsendelser fra 48 besætninger og udgjordesåledes 23 % af de influenzavirus positive indsendelser. Dette er på niveau med 2014 og 2015. Hos mennesker dominerede H1N1pdm09 i 2015/16 sæsonen mens human sæson H3N2 dominerede 2016/17 sæsonen. Det humane N2 gen, der tidligere har været påvist i svin, blev ikke påvist hvilket betyder at subtyperne H1N2hu og H1pdm09N2hu ikke blev påvist i 2016. Til gengæld er H3huN2sw med et humant H3 fra 2005 blevet påvist igen i 2016 i tre besætninger. Dette virus blev første gangpåvist i 2013. Ydermere er der i 2016 også fundet en ny variant af H3huN2sw, med HA der svarer til den samtidigt cirkulerende H3 influenza (sæson 2015/16), hvor vi tidligere kun harpåvist H3hu fra sæson 2004/05. Det interessante ved dette virus er, at det er en triplereassortment, hvor alle de interne gener stammer fra H1N1pdm09 subtypen, mens N2 stammer fra H3N2/H1N2 fra svin, og H3 er af human oprindelse. Da det humane H3 gen har cirkuleret i mennesker siden 1968, må det formodes, at der er stor grad af immunitet i den humane population mod denne type. Derimod må det formodes, at hele den danske svinepopulation vil være fuldt modtagelige, da prævalensen af H3 virus har været meget lav i Danmark de senere år. Tilmed viser undersøgelser, at antistoffer dannet mod de kommercielle vacciner, der anvendes i Danmark, har meget begrænset krydsreaktion til dette virus. Resultaterne fra overvågningen er vigtige i forhold til såvel zoonotiske som veterinære aspekter ved influenza A virus infektion i svin i Danmark. Undersøgelserne har bekræftet at H1N1pdm09, som stadig må betragtes som en zoonose, nu er etableret i den danske svinepopulation, hvor den cirkulerer uafhængigt af den humane influenzavirussæson. Overvågningen har endvidere påvist adskillige nye virus reassortments, hvor gener fra H1N1pdm09 indgår. Bl.a. tyder det på, at H1N2 virus med interne gener fra H1N1pdm09 har etableret sig i den danske svine population Der er global bevågenhed omkring svineinfluenzavirus med interne gener fra H1N1pdm09, da der i flere tilfælde er vist smitte med sådanne virus til mennesker, fx H3N2v i USA. Overvågningen har bidraget til, at vi tidligt har påvist nye virus med zoonotisk potentiale: H3hu05N2sw og H3hu16N2sw. Dette betyder, at der kan foretages en nærmere genetisk og biologisk karakterisering af dette virus, hvilket kan danne evidens-baseret baggrundsviden for risikohåndteringen, i det tilfælde at der konstateres human smitte med dette virus. Den fremtidige overvågning vil bl.a. have fokus på at undersøge, om disse virus bliver etableret i danske svin. Fra et veterinært synspunkt er det vigtigt at få fastlagt hvilke(n) subtype(r), der cirkulerer i en besætning, da valg af vaccine er afhængig af denne information. Det er derfor positivt, at der, trods et lille fald i år, over de senere år er sket en stigning i antal indsendelser til influenzapåvisning i Danmark, da det øger muligheden for at vaccinere korrekt og derved nedbringe risikoen for antibiotikakrævende sekundære infektioner. Det er også positivt at den H1N2 subtype (med human-like HA-gen), der er dominerende i andre dele af Europa, stadig ikke findes i Danmark. Introduktion af dette virus kan frygtes at få epizootisk karakter, da immuniteten i populationen mod dette virus forventes at være meget lille. Det kan konkluderes, at den iværksatte overvågning har givet et godt indblik i hvilke influenza A virus, der cirkulerer i danske svin, og at denne information dagligt bruges proaktivt ved håndtering af sygdom i danske svinebesætninger. Overvågningen har endvidere vist, at virus med nye gen kombinationer er blevet etableret i danske svin, og der bør de kommende år holdes øje med, om disse virus smitter til mennesker.