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Quantification des cellules viables de P. phosphoreum dans les pavés de saumon cru par PCR temps reel

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Abstract

Les poissons marins crus sont de plus en plus retrouvés au rayon frais emballés sous atmosphère modifiée enrichie en CO2. Cette atmosphère réduit la croissance des bactéries d’altération de type aérobie comme Pseudomonas et ainsi améliore la durée de vie du produit. Cependant certaines bactéries résistantes au CO2 se développent sur le produit comme Photobacterium .phosphoreum qui est connue pour être. la bactérie d’altération de sur plusieurs poissons marins. Aucun milieu de culture n’est disponible pour le dénombrement de P.phosphoreum, ce qui pose problème pour le contrôle de ce microorganisme d’altération. Par conséquent, nous avons développé une méthode de PCR temps réel spécifique combinée avec une étape de traitement au PMA pour quantifier les cellules viable de P.phosphoreum dans le saumon cru conditionné sous atmosphère modifiée. Les amorces spécifiques ont été dessinées pour amplifier un fragment de 350 pb sur le gène de la gyrase subunit B de P.phosphoreum. Leur spécificité a été démontrée en utilisant l’ADN de 88 souches bactériennes de 52 espèces bactériennes différentes. En utilisant ces amorces pour quantifier une culture pure de P.phosphoreum, une bonne corrélation (R2 de 0.99) a été obtenue en comparaison avec des résultats de numération sur milieu Marine Agar. Sur saumons artificiellement contaminés, la quantification par PCR temps réel est linéaire sur 5 Log. Sur les produits naturellement contaminés, la méthode fonctionne avec succès avec un seuil minimum de 3 Log (UFC/g) pour une quantification précise. La précision de cette méthode a également été évaluée en la comparant avec une méthode déjà existence de quantification par conductancemétrie. Les données obtenues sur 22 échantillons montrent une très bonne corrélation (R2 de 0.94) entre les résultats des 2 méthodes. Ce travail a donné lieu à l’élaboration d’un outil efficace pour la quantification de P.phosphoreum dans le saumon cru. A l’avenir, cette nouvelle méthode culture-indépendante sera utile pour les analyses bactériologiques des produits de la mer et également pour de futures études concernant l’écologie de P.phosphoreum